윤재웅 교수는 공명 나노구조 및 non-Hermitian 광 상호작용과 이를 적용하는 양자 시뮬레이터 연구를 수행하고 있다. 광속박 상태의 공명 현상과 극적인 non-Hermitian 광자 효과 띄는 도파로 연구로 네이처를 포함한 70여 편의 논문을 발표했다. 비보존물리계의 non-Hermitian 효과와 위상-물리 현상의 광학적 발현을 기초로 하는 집적형 광자 구조 및 소자 응용, 양자 시뮬레이터에 대한 협력 연구를 추진하고 있다.